尼奥探寻自己使命背后真相,为自己的行动寻找一个可以接受的理由。与此同时,矩阵系统决定先下手为强,派遣了为数25万的电子乌贼大军,开始进攻锡安基地。尼奥他们决定再次潜入矩阵,从内部破坏它。在寻找矩阵系统内唯一知道系统弱点的“制钥者”的过程中,尼奥、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困难:敌人的能力已升级,数量更是大大增加。