影片讲述了“靖难之役”之后,燕王朱棣篡权夺位成功,建文帝生死未卜,而建文帝之子朱文奎被旧部杨武救出,并几经辗转把朱文奎送往少林寺。十年之后,朱文奎在少林寺已成英俊少年,学到了一身武功,从小聪慧的他更熟读经卷,通晓佛法,深得住持的喜爱。杨武一直在计划为建文帝夺回帝位,假意归顺燕王,暗中招兵买马,召集建文帝旧部然后打算把朱文奎从少林寺带回京城,却被燕王得知,并下令东厂追杀他们。一路上杨武等人受到一批又一批的东厂高手追杀,最后不得不把小皇子送上嵩山少林暂避追杀。东厂倾巢而出把少林寺重重包围,杨武和少林十八棍僧与锦衣卫展开殊死搏斗……最后,少林寺能否逃过一劫呢?